Kontrolli i Lartë i Shtetit ka hasur në disa shkelje nga ana e Autoritetit të Aviacionit Civil.
Abuzime me pagat dhe pagesat për pensione suplementare, shkelje në tendera e abuzime me karburantin dhe teprica vjetore të paderdhura në Buxhetin e Shtetit. Këto janë abuzimet që janë kryer në këtë strukturë, e cila edhe pse financohet me burimet e veta dhe nuk merr para nga buxheti i shtetit, është e detyruar të zbatojë ligjet e shtetit. KLSH ka inspektuar AAC për periudhën 01.01.2014 deri më 31.12.2015.