Kontrolli i Lartë i Shtetit pas një auditimi mbi performancën e bashkive në vend pas reformës territorial ka konstatuar shumë probleme, ku ka veçuar cënimin e autonomisë së bashkive nga qeveria. Sipas KLSH, reforma nuk ka përmbushur objektivat sepse ndër të tjera politikat fiskale dhe buxhetore të qeverisë qendrore kanë cënuar autonominë vendore. Gjithashtu janë verifikuar dhe shkelje të tjera si, legjislacioni i ri nuk zbatohet plotësisht, po kështu dhe procesi i përthithjes së funksioneve të rejat ë punonjësve, por dhe rritja e cilësisë së shërbimeve nuk është arritur të realizohet me sukses. Raporti thekson se në shumicën e bashkive rezulton nivel i ulët efektiviteti në mbledhjen e të ardhurave të veta dhe në përdorimin e fondeve në dispozicion.
Pavarësisht se Reforma Administrative-Territoriale ishte e domosdoshme, ajo nuk ka reflektuar plotësisht parimet e Kartës Europiane të Autonomisë Vendore. KLSH thekson qeveria qendrore ka minuar kështu forcimin e decentralizimit dhe autonomisë së bashkive.
Buxheti alokon për Njësitë Vendore rreth 1% e GDP-së, që është niveli më i ulët rajonal, duke mos i ndihmuar bashkitë në ushtrimin e plotë të kompetencave dhe në rritjen e nivelit të shërbimeve ndaj qytetarëve. Ndërmjet bashkive në rang vendi ekziston një pabarazi financiare dhe konstatohen ndërhyrje të pushtetit qendror në pushtetin vendor, me efekt negativ për buxhetin e bashkive dhe stabilitetin e autonomisë financiare.
Problem kritik i konstatuar na KLSH është se investimet publike të bashkive përcaktohen në mënyrë selektive, fondet kanë munguar në disa bashki të vendit, si në Lezhë, Shkodër dhe Kamëz.
Pabarazia bie ndesh me parimet e Konventës Europiane të Autonomisë Vendore. Në këto kushte KLSH ka rekomanduar që të analizohet ecuria e zbatimit të reformës administrative-territoriale, të harmonizohen aktet ligjore që prekin kompetencat e reja të bashkive si dhe të ndërmarrin ndryshime ligjore për forcimin e autonomisë vendore.