Agjencia për Trajtimin e Pronës është audituar nga Kontrolli i Lartë i Shtetit. Mes shumë problematikash janë konstatuar dhe shumë ankesa, kërkesa apo informacione për dosje që janë kërkuar nga qytetarët dhe që janë regjistruar në protokoll. Të dhënat tregojnë se specialistët e protokollit kanë mbajtur dokumentet duke mos respektuar një format të caktuar e për pasojë situata është kaotike. Ndërkohë në renditje janë lënë numra bosh çka mund të përdoren për të trajtuar në mënyrë të padrejtë kërkesa që vijnë më vonë dhe regjistrohen me një numër të hershëm duke krijuar kështu një bazë për abuzim.

Në regjistrat mbajtur 3 vitet e fundit sipas KLSH është konstatuar se këto regjistra janë të pa vulosur, nuk përmbajnë numrin e fletëve, nuk përshkruhet se nga cili specialist është mbajtur, nuk kanë të mbushura kolonat përkatëse me të gjithë modalitetet e duhura, formati ka qenë në forma të ndryshme, sipas mendimeve individuale të specialistëve të protokollit, janë mbajtur me qindra nr. protokolli bosh dhe vazhdohet në numra rendore të tjerë.
Lidhur me këtë situatë KLSH rekomandon që të regjistrat e protokollit të përshtaten sipas asaj që kërkon kuadri ligjor. Po kështu është rekomanduar që të respektohen numrat rendorë dhe fletët në vijimësi në mënyrë kronologjike e numerike sipas radhës që paraqiten qytetarët.